Kapten Tsubasa merupakan kisah tentang seorang siswa SD yang pikiran dan mimpinya hampir sepenuhnya untuk sepak bola yang ia cintai. Oozora Tsubasa, 11 tahun, mulai bermain sepak bola pada usia yang sangat muda, meskipun sebagian besar hanya olahraga biasa untuk teman-temannya dan baginya, itu berkembang yang membuat dia terobsesi terhadap sepak bola.
Untuk mengejar impiannya, Tsubasa pindah bersama ibunya pergi ke kota Nankatsu, yang terkenal dengan tim sepak bola SDnya yang sangat hebat. Tetapi meskipun ia dengan mudah menjadi yang terbaik di kota lamanya, Nankatsu memiliki lebih banyak kompetisi, dan ia membutuhkan semua keterampilan dan bakatnya untuk berdiri keluar dari kerumunan baru ini.
Dia bertemu bukan hanya rival, tetapi juga teman-teman baru seperti gadis cantik Nakazawa Sanae dan kiper berbakat, Wakabayashi Genzo, yang berbagi hasrat yang sama dengan Tsubasa, dan menjadikannya teman yang berharga dalam membantu ke arah mimpinya. Mewakili Jepang di Piala Dunia FIFA adalah impian utama Tsubasa, tetapi akan membutuhkan lebih dari sekadar bakat untuk meraihnya
