Tanahnya hancur, dan umat manusia mendirikan benteng mobil “Plantation”. Pilot yang diproduksi di dalam Plantation di Mistilteinn dikenal sebagai “sangkar burung.” Anak-anak yang tinggal di sana tidak tahu apa-apa tentang dunia luar ataupun kebebasan. Hidup mereka hanya untuk berjuang menjalankan misi. Musuh-musuh mereka adalah raksasa misterius yang dikenal sebagai Kyouryuu, dan robot anak-anak disebut Franxx untuk berhadapan dengan mereka. Bagi anak-anak, mengendarai Franxx membuktikan keberadaan mereka.
Seorang anak laki-laki bernama Hiro yang disebut Kode: 016, dan dia pernah dikenal sebagai anak ajaib. Namun, dia telah gagal, dan keberadaannya tidak diperlukan lagi. Tidak dapat mengemudikan Franxx sama saja mati. Suatu hari, seorang gadis misterius dengan dua tanduk yang dikenal sebagai “Zero Two” muncul di hadapannya.
