Ren Amamiya akan memasuki tahun keduanya setelah pindah ke Akademi Shujin di Tokyo. Karena terjadi suatu insiden, Persona-nya bangkit, dan bersama dengan teman-temannya, mereka membentuk “Phantom Thieves of Hearts” untuk mereformasi hati orang dewasa yang korup dengan mencuri sumber hasrat yang menyimpang milik mereka. Sementara itu, kejahatan yang aneh dan tidak dapat dijelaskan telah bermunculan satu demi satu..
