Dua tahun telah berlalu sejak serangan CCG pada Anteiku. Meskipun atmosfer di Tokyo telah berubah secara drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, ghouls terus menimbulkan masalah yang membuatnya harus segera ditangani, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, ancaman CCG semakin meningkat terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Quinx Squad, dapat memberikan CCG dorongan yang mereka butuhkan untuk memusnahkan warga Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus ghouls, mereka berpartisipasi dalam operasi membasmi makhluk berbahaya. Pemimpin kelompok ini, Sasaki Haise, adalah setengah ghouls dan setengah manusia yang telah dilatih oleh penyidik khusus terkenal, Arima Kishou.
