Selamat datang di dunia Gensokyo yang memukau, di mana youkai (sebutan makhluk spiritual), hewan dan beberapa manusia, yang terpisah dari dunia kita oleh penghalang magis. Satu-satunya gerbang antara dua dunia adalah kuil Hakurei.
Reimu Hakurei adalah gadis yang bekerja di kuil tersebut. Setiap kali ada masalah karena supernatural (dikenal sebagai “Insiden”) terjadi, Reimu pergi dengan teman-temannya untuk menyelidikinya, menghilangkan penyebabnya dan berharap akan mengembalikan Gensokyo ke keseimbangannya.
